L’art. 72 del Regolamento 1303/2013 definisce i principi generali dei sistemi di gestione e controllo:
a) una descrizione delle funzioni degli organismi coinvolti nella gestione e nel controllo e la ripartizione delle funzioni all'interno di ciascun organismo;
b) l'osservanza del principio della separazione delle funzioni fra tali organismi e all'interno degli stessi;
c) procedure atte a garantire la correttezza e la regolarità delle spese dichiarate;
d) sistemi informatizzati per la contabilità, per la memorizzazione e la trasmissione dei dati finanziari e dei dati sugli indicatori, per la sorveglianza e le relazioni;
e) sistemi di predisposizione delle relazioni e sorveglianza nei casi in cui l'organismo responsabile affida l'esecuzione dei compiti a un altro organismo;
f) disposizioni per l'audit del funzionamento dei sistemi di gestione e controllo;
g) sistemi e procedure per garantire una pista di controllo adeguata;
h) la prevenzione, il rilevamento e la correzione di irregolarità, comprese le frodi, e il recupero di importi indebitamente versati, compresi, se del caso, gli interessi su ritardati pagamenti.
Gli art. 125-126-127 del Reg. 1303/2013 definiscono le funzioni delle Autorità:
- Autorità di Gestione: è responsabile della gestione del Programma operativo conformemente al principio di sana gestione finanziaria
- Autorità di Certificazione: è responsabile della elaborazione delle domande di pagamento alla Commissione, nonché della corretta certificazione delle spese erogate a valere su i fondi comunitari/statali/regionali per l’attuazione del Programma operativo
- Autorità di Audit: garantisce lo svolgimento di attività di audit sul corretto funzionamento del sistema di gestione e controllo del Programma operativo